La collezione del museo proviene dai rinvenimenti del barone Gabriele Judica che agli inizi dell'Ottocento eseguì degli scavi sul sito di Akrai. L'importante raccolta di materiali fu custodita nel suo palazzo e mantenuta integra sino all'apertura di un museo a lui dedicato il 27 dicembre 2014, nel palazzo della Famiglia Cappellani della Formica e di Pirainito; antica famiglia nobile palazzolese.

La collezione riguarda principalmente i reperti di Akrai provenienti per gran parte dagli scavi di Gabriele Judica, una parte provengono dalla collezione Ferla e dal territorio di Leontinoi. Sono presenti ceramiche quali, vasi, lucerne, oggetti di uso quotidiano, una stele greca, unguentari e reperti preistorici.

Il museo si sviluppa su due piani, in quello inferiore sono presenti reperti preistorici e protostorici. Nel piano superiore reperti di colonizzazione corinzia (sala1), età arcaica (sale 2-3), classica e post classica (sale 4-5), ellenistica (sala 6), romana (sala 7) e tardo romana (sala 8).