Il percorso storico e didattico su cui si basa il museo, trae spunto da un epigrafe murata dietro l'altare della chiesa campestre di San Paolo dell'ormai villaggio scomparso di Sèrzela (nell’attuale agro comunale di Gonnostramatza, a due passi dal paese) che racconta uno specifico episodio: la distruzione dell’abitato di Uras nel 1515 ad opera del famigerato pirata Barbarossa e la fuga della popolazione superstite appunto a Sèrzela.

In questo modo, attraverso un episodio che a prima vista potrebbe apparire di storia locale, viene raccontato il contesto cinquecentesco sardo, quello delle incursioni barbaresche e dei relativi provvedimenti per dotare il regno di un sistema di difesa statica, le torri costiere di avvistamento.

Ma il racconto di questo importante momento storico per la Sardegna, ovvero lo scontro fra monarchia spagnola e impero ottomano viene collocato nel più ampio contesto dello scontro fra Cristianità e Islam e del relativo e variegato mondo di frontiera che risulta purtroppo uno dei più grandi problemi attuali.