Dal 1983 le collezioni sono allestite lungo le sale dell'appartamento Cybo che oggi ospita raccolte divise per tipologia: dipinti, sculture lignee e pastelli, cui seguono, nel corridoio dei cardinali, le porcellane, bronzetti, mobili, maioliche, terrecotte, armi, mentre nel loggiato esterno è il lapidario. Il museo, inoltre, conserva ed espone una piccola sezione di opere medievali con avori, argenti e smalti. Nelle sale studio, visitabili su richiesta, sono raccolti argenti, avori, vetri dipinti, porcellane occidentali e orientali.

Il Museo inoltre conserva opere di artisti quali Carlo Maratta, Jacopo Sansovino, Gian Lorenzo Bernini, Guido Reni, Guercino, Pisanello (Testa di donna), Giorgio Vasari, Benozzo Gozzoli, Beato Angelico, Giorgione (Doppio ritratto, 1502 circa).