Allestito nei locali di Porta San Paolo, il museo documenta la strada che congiungeva Roma a Ostia.

Prima Sala: Questa sala è sita al primo piano della torre ovest della Porta San Paolo. Un plastico raffigurante Ostia costruito da Italo Gismondi negli anni trenta ed un dipinto ad olio di G. Marelli raffigurante via ostiense ed il territorio che da Roma arrivava fino al mare.

Galleria della Saracinesca o sala di manovra: Vi sono tre arcosoli realizzati nel III secolo originari di una tomba presso la Basilica di San Paolo. Essi raffigurano: Prometeo che crea l'uomo; un fagiano ed un pavone, che nella simbologia cristiana vogliono simboleggiare la vita ultraterrena. Inoltre nella stessa sala vi sono un calco del miliario dell'XI miglio della via ostiense risalente al III secolo a.C. dei quadri ad olio di O. Ferretti inerenti a un sepolcreto di San Paolo e dei vari corredi funebri della stessa zona.

Seconda sala: Vi è un plastico che ricostruisce il porto esagonale di Traiano ed il porto di Claudio. Mediante la Cella Muroniana si attraversa il camminamento esterno da cui si può ammirare una veduta sulla Piramide Cestia.

Terza Sala: Viene utilizzata come sala mostre e/o sala convegni. Inoltre vi è una struttura risalente al XVIII secolo rappresentante l'antico dazio, in seguito restaurato. Nel giardino antistante l'ingresso sono stati posti dei ruderi marmorei funebri di epoca imperiale ritrovati nella via ostiense medesima.