Il mausoleo di Sant'Urbano si trova al IV miglio della via Appia Antica, non distante dal mausoleo di Cecilia Metella, di fronte ai resti di un monumento in laterizio, su podio e con absidi su tre lati, tradizionalmente identificato con il tempio di Giove.

Il mausoleo era costituito da un ipogeo e da una sala superiore, per le cerimonie di culto. Nella costruzione primitiva si accedeva probabilmente alla sala mediante una scalinata situata all'interno del vestibolo. La scalinata fu demolita durante le persecuzioni di Diocleziano, quando l'imperatore ordinò la distruzione dei luoghi di riunione dei cristiani; successivamente fu ricostruita in modo più maestoso e la facciata fu arricchita con l'aggiunta di un portico, probabilmente tetrastilo, di cui restano alcuni frammenti di basi e della trabeazione.

Due porte davano accesso all'ipogeo, che era costituito da un vestibolo e da un vasto ambiente quadrato con tre absidi: quella centrale, di forma semicircolare; le due laterali, di forma rettangolare. Quattro pilastri agli angoli e uno, più grande, al centro sostenevano la volta dell'ipogeo. Nel XIII secolo il sepolcro fu trasformato in una torre fortificata (il torrione dei Borgiani), di cui si distinguono ancora, nella parte superiore del monumento, dei resti.