La specificità della Crypta Balbi, nel contesto del Museo nazionale romano, è di essere un museo di archeologia urbana, che ricerca e documenta l'evoluzione di quello spazio, dei suoi insediamenti e delle sue destinazioni d'uso lungo i secoli.

Particolare attenzione viene dedicata ai ritrovamenti che documentano attività artigianali (materiali, attrezzi, produzioni) svolte nel luogo in età postclassica e altomedioevale, mettendo in rilievo la continuità del lavoro ed anche la qualità dei prodotti, in secoli generalmente considerati "oscuri", tra il VII e il X.

L'esposizione, finalizzata a mostrare l'evoluzione nel tempo delle attività e degli insediamenti, presenta ritrovamenti avvenuti in loco, ma anche reperti provenienti da altri siti, ed è molto curata e ben documentata, anche dal punto di vista didattico, descrivendo ampiamente non solo i reperti in mostra, ma anche i contesti storici ai quali essi fanno riferimento.