L'ipogeo che accoglie il museo nasce da una cava di carparo formatasi dall'estrazione dei blocchi di questo materiale utilizzati dai greci spartani per l'edificazione dei templi e dei monumenti cittadini già a partire dal 700 a.c. Nel corso dei secoli la struttura è stata riadattata più volte dalle varie popolazioni che hanno abitato la città.

L'ipogeo (hypógheios) nasce da una cava di carparo di origine greca ma in seguito viene adattata dalle popolazioni che nel tempo si sono succedute alla guida della città di Taranto e destinata ad usi differenti. Evidenti le tecniche di edilizia di epoca romana (Opus incertum), o delle volte bizantine volute da Niceforo Foca che hanno donato alla cava spartana nuovi utilizzi nei secoli.

La struttura, di appartenenza e di gestione privata, è stata la prima struttura ipogea (2004) interamente restaurata e aperta al pubblico di tutto il centro storico di Taranto. Il restauro della struttura ha permesso l'accesso in profondità alle sale inferiori facendo emergere numerosi elementi architettonici di interesse storico oggetto di vari studi (le relazioni scientifiche sono disponibili nel libro "Il Mistero della Marchesa, riscoperta di palazzo de Beaumont Bonelli fra storia ed esoterismo").

La visita interna permette di attraversare storia ed eventi che hanno contrassegnato la vita cittadina per due millenni discendendo per circa 16 metri sotto il piano stradale e 4 metri sotto il livello del mare per un totale di 800 metri quadri. All'interno del museo è possibile osservare numerose tracce storiche che hanno caratterizzato la storia di Taranto dalla sua fondazione spartana (VIII sec a.C.) fino al XVII sec, data di costruzione di palazzo de Beaumont Bonelli. Di particolare rilievo i banchi di cavaggio spartani, i resti di un segmento viario greco, le condotte idriche del XVII sec e il tunnel che attraversando la strada giunge direttamente il mare. I quattro saloni dell'ipogeo ospitano inoltre moderne esposizioni artistiche e riproduzioni storiche della Taranto antica.