L'esposizione museale propone, accanto agli oggetti più consueti (materiali di scavo, calchi, plastici) il punto di vista del ricercatore e dello storico che, attraverso sintetici pannelli di testo con cartografia tematica, illustra al grande pubblico dei non specialisti alcuni percorsi di storia del territorio.

Nel suo attuale allestimento il Museo presenta due sezioni: una introduttiva e l'altra in cui si esemplificano alcuni aspetti della produzione materiale ed artistica della Capitanata nel Medioevo. Un saggio sulle risorse archeologiche e sul patrimonio storico- artistico della Capitanata conclude la rassegna documentaria dell'innovativo Museo.