Il Museo è articolato in quattro sezioni: una dedicata alla preistoria, con un arco temporale che va dal Paleolitico all'Età del Bronzo; una seconda contenente reperti di età dauna ed ellenistica. Di notevole interesse anche i ritrovamenti di epoca romana, con la bellissima meridiana proveniente dal pretorium pubblilianum e diverse epigrafi dell'epoca imperiale, monete e vasellame.

Nella Sezione Medievale vi è un pannello dedicato a Celestino V, per via del suo passaggio a San Giovanni in Piano nei pressi di Apricena. Il pannello riporta il riferimento alla Perdonanza del 28 e 29 agosto e l’Orazione in volgare contenuta nel libro di preghiere di Celestino V, piccolo codice membranaceo della seconda metà del XII secolo, conservato nell’Archivio del Museo Nazionale de L’Aquila.