Il museo dell'abbazia ripercorre le principali tappe della storia del monastero e del complesso abbaziale cui è adiacente. Il percorso museale conduce inoltre il visitatore in un viaggio nella storia della città dalle antiche origini romane al XVIII secolo. Il complesso è stato progettato in modo da integrare il percorso museale a quello archeologico e al museo parrocchiale annesso.
Tra i reperti risalta il cippo funerario che ricorda uno degli addetti delle stazioni doganali della Quadregesima Galliarum, che raccoglieva la tassa che doveva essere pagata per tutte le merci in transito nel borgo. Inoltre, malgrado la pessima conservazione, è messo in mostra il ritratto di un personaggio maschile, probabilmente dedicato ad un benefattore che aveva destinato alla città una notevole somma di denaro, il cui nome ci è però sconosciuto.
Dal museo si accede successivamente all'area archeologica. Una prima scala conduce i visitatori all'antica cripta meridionale romanica, ove sono presenti tracce della pavimentazione policroma in stucco e cocciopesto, databili al XII secolo, che ricopre in parte l'abside semicircolare della chiesa paleocristiana. Si percorre in seguito il corridoio realizzato in epoca settecentesca, durante la costruzione della Villa abbaziale, il quale riporta l'attenzione su una copertura in vetro, al di sotto della quale alcune tombe delle più significative del XI-XIII secolo testimoniano l'importanza del cimitero in passato circostante la chiesa; al di sotto del porticato addossato al fianco meridionale si possono ammirare due tombe ad incinerazione di età romana, la prima a camera sotterranea in muratura con nicchie laterali, la seconda a cassetta di laterizi. Si rientra nella chiesa attraverso la cappella definita tradizionalmente "Cappella Angioina", decorata nel Quattrocento da un pregevole ciclo affrescato, quindi si accede nella cripta romanica, un luogo evocativo che rappresenta il cuore dell’edificio sacro. Superata la cripta il percorso attraversa alcuni locali un tempo riservati ai monaci.
