Nelle sale del museo, articolate in 20 sezioni, trovano documentazione gli usi e i costumi del popolo siciliano, compresa la minoranza etnolinguistica albanese, e le credenze, i miti, le consuetudini, le tradizioni di Sicilia (la casa, filatura e tessitura, arredi e corredi, i costumi, le ceramiche, l’arte dei pastori, caccia e pesca, agricoltura e pastorizia, arti e mestieri, i veicoli, il carretto siciliano, i pupi, il carro del festino, le pitture su vetro, le confraternite, i presepi, tra i quali spicca l’opera dell’artista trapanese Matera, i giochi fanciulleschi, la magia, gli ex voto, pani e dolci festivi.). Inoltre, in una sala troviamo la grande cucina dei Borboni che, a prescindere dalla superficie, ben rappresenta le cucine tradizionali siciliane.
I reperti sono esposti in vetrine tematiche e ciascuno è accompagnato da didascalie che forniscono informazioni relative al nome del reperto, alla sua provenienza, all’epoca di appartenenza, al suo uso, al numero di inventario, ecc. Le vetrine, così allestite, sono concentrate nelle varie sale, dedicate ciascuna al tema generale di riferimento delle singole vetrine. L’illuminazione è esterna alle bacheche. All’interno di ogni sala anche una locandina che descrive il tema rappresentato dai reperti lì contenuti. I grossi reperti sono esposti al di fuori dalle teche, così come le statuette del presepe sistemate in banchi sovrapposti, in una sala appositamente illuminata da faretti direzionali.
Il percorso museale inizia con alcune rappresentazioni di abitazioni sia rurali che urbane. Fra questi, il più remoto 'u pagghiaru, forma primitiva dell'architettura rustica siciliana. Gli altri archetipi di abitazione contadina sono dimostrazione della differente disposizione dello spazio domestico, in rapporto alle diverse possibilità di quel ceto. Perciò, le abitazioni più povere erano caratterizzate da un unico ambiente nel quale si trovavano a convivere uomini e animali e all'interno del quale erano svolte tutte le attività domestiche. Maggiore agiatezza si rivela invece nell'abitazione in due piani suddivisa da un rudimentale soppalco che fungeva da zona letto, talvolta suddiviso in due o tre locali minori. Gli archetipi sono completi anche delle miniature delle suppellettili necessarie: il giaciglio ('u jazzu) nel pagliaio, il letto, formato da trispiti e tavole, nelle case in muratura, semplici sgabelli, sedie e tavoli, strumenti da lavoro ed il caratteristico settimino.
