Le origini della Marina Militare sono rappresentate da una pregevole raccolta di modelli in scala di vascelli di marine degli stati italiani, rievocanti gli eroici ed irripetibili tempi della navigazione a vela, nonché modelli di quasi tutte le principali unità italiane varate tra il 1860 e il 1910 nell'Arsenale della Spezia, e quelli di navi italiane della seconda guerra mondiale.
Non manca una documentazione straordinaria di reperti riguardanti i mezzi d'assalto, dai primissimi, risalenti alla guerra del '15-'18, come i resti del Grillo il modello del Mas 15 ed un prototipo dell'ordigno con il quale Rossetti e Paolucci, il 1º novembre 1918 affondarono nel porto di Pola la corazzata austriaca Viribus Unitis, per arrivare al prototipo della torpedo semovente di Tesei e Toschi, meglio nota col nome leggendario di Maiale; nonché i Barchini, altri mezzi d'assalto, che testimoniano l'attività, nata alla Spezia del glorioso "Gruppo mezzi d'assalto" della seconda guerra mondiale.
Una collezione unica e straordinaria, situata al primo piano, è dedicata alle Polene, figure lignee che venivano poste sulla prua delle navi per scongiurare la cattiva sorte o per ostentare potere e ricchezza. La Sala è particolarmente suggestiva: le 28 polene sono posizionate su grossi travi curvi in legno che richiamano il dritto di prora dei velieri, sui quali hanno riacquistato la posizione che avevano sulle loro navi, con lo sguardo rivolto all'orizzonte.