Il percorso espositivo, che si sviluppa in quattro sezioni comunicanti, propone un ideale viaggio che conduce il visitatore a scendere nel cuore della struttura come nelle viscere della storia per poi risalire fino alla contemporaneità. Il percorso espositivo inizia dall’atrio, luogo di sosta, per poi scendere immergendosi nel passato della Val di Non, questa discesa rappresenta la metafora sequenza stratigrafica, in sui sono collocati i materiali rinvenuti attraverso il “pozzo del tempo”.

La prima sala al primo piano inizia con la visione del plastico, che riproduce la morfologia e i nomi dei diversi luoghi dei ritrovamenti archeologici della valle; il secondo mostra l’alta carota stratigrafica: in cima è posto l’orologio, sotto i rifiuti di gomma e plastica della società contemporanea, gli starti della culture più antiche fino agli strumenti in selce dei cacciatori del mesolitico e paleolitico. Dopo la discesa, si percorre il primo corridoio in leggera salita, dove sono esposti vari reperti, relati ai cacciatori del tardo Paleolitico e del Mesolitico (XI millennio a.C.).

La seconda sala, risulta la più significativa del museo, perché prende in esame il popolo che dà il nome al museo: i Reti (metà VI e I secolo a.C.). La prima parte della sala ricostruisce la casa retica, riproducendo la copertura con travi lignee ricoperte di paglia, in modo da ricreare l’atmosfera dell’abitazione retica e ricontestualizzare i reperti di uso quotidiano (come le tazze ombelicate e i boccali ansati).

La terza sala illustra il rapporto tra i Romani e le popolazioni anunensi, nel corso del I secolo a.C. la cultura retica si interrompe e si sviluppa un graduale e pacifico processo di romanizzazione. L’intenso e rapido processo di romanizzazione della valle è confermato dal ritrovamento di due statue raffiguranti una Vittoria e una matrona in veste di divinità, forse la Fortuna.

L’ultima sala tratta il tema della religione in Valle di Non, iniziando con la riproduzione di una piccola grotta, luogo in cui si praticava il culto misterico di Mithra, divinità di origine persiana e portato in Anaunia dai veterani romani tornati in patria.