Il Museo Nazionale raccoglie importanti collezioni di arti minori tra cui alcune stele sepolcrali ed epigrafi, diversi reperti archeologici, una collezione di stoffe (da quelle copte a quelle rinascimentali), una pregevole raccolta di avori, una ricca raccolta di icone, una sezione numismatica ed un'affascinante collezione di armi antiche. All'interno del museo è inoltre situato il ciclo degli affreschi trecenteschi di Santa Chiara che ornava la chiesa delle Clarisse di Ravenna , oggi teatro Rasi. Inoltre nel Museo sono collocati i mosaici pavimentali del complesso archeologico di via d'Azeglio, rinvenuti nel 1993 nel corso di lavori di ristrutturazione di un edificio ed esposti, a seguito di un accurato lavoro di restauro, a partire dal 1995.

Il Lapidario è per la maggior parte distribuito lungo i percorsi di due chiostri. Il più recente, opera dell’architetto Andrea da Valle attorno alla metà del cinquecento, accoglie, in ordine cronologico, un vasto repertorio di scultura dall’epoca paleocristiana fino all’età moderna. Si segnalano in particolar modo il sarcofago paleocristiano della Traditio Legis e la ricca serie di capitelli e rilievi di età bizantina. Al centro del chiostro è collocata la statua di papa Clemente XII Corsini, opera dello scultore romano Pietro Bracci (1738).