Il museo, situato all'interno della Rocca Albornoziana, occupa una superficie complessiva di 1.241 metri quadrati (dei quali 864 utilizzati per l’esposizione di 190 opere), ed è suddiviso in 15 sale che sono disposte su due livelli.

Le opere esposte appartengono ad un arco temporale che va da IV al XV secolo, e testimoniano i secoli di passaggio dall'età romana alla tarda antichità.

La raccolta è composta da sarcofagi ed iscrizioni funerarie provenienti dalle aree cimiteriali situate nei dintorni di Spoleto. Si possono ammirare anche notevoli mosaici pavimentali e decorazioni scultoree risalenti al VI secolo e frammenti scultorei appartenuti ad aule di culto di epoca longobarda e carolingia-ottoniana. Vi è anche esposta una ricca sezione pittorica che documenta il periodo romanico, nonché tratti dello stile rinascimentale del XV secolo.