La sezione naturalistica riproduce i diversi ambienti del Parco e grazie a quella archeologica che raccoglie reperti di diversa epoca. All'interno del Museo è in allestimento una vera e propria tana della lontra a misura di bambino allo scopo di consentire ai piccoli visitatori di acquisire "sul campo" notizie sulla specie, sul suo ambiente e sulla sua vita. Attiguo al Museo c'è il Centro Studi che è dotato di una sala conferenze, di una biblioteca naturalistica, videoteca, diateca e laboratorio scientifico. Nell'area esterna del Centro troviamo l'area faunistica della lontra, allestita di recente, dove è possibile, su prenotazione, osservare questi animali con visite guidate serali mentre giocano e svolgono le loro attività quotidiane.