La particolare natura del Museo ha indotto a seguire un duplice ordinamento: per materia disposta cronologicamente e per destinazione, facendo spazio alle testimonianze della pratica sacramentaria e della devozionalità. Nella composizione di quadreria, statuaria, suppellettile e arredo vario dal VII secolo all’età contemporanea, frutto di artisti di varia levatura, dagli scultori Carlo de Carona, Alvise Casella, Giovanni Martini, Orazio Marinali, ai pittori Pomponio Amalteo, Francesco Guardi, Palma il Giovane, Antonio Carneo, Michelangelo Grigoletti, Gianfrancesco da Tolmezzo, G. M. Zaffoni detto il Calderari ed altri ancora, si è cercato di privilegiare gli attestati di provenienza locale, ricorrendo alle aree geografiche contermini allo scopo di colmare evidenti lacune.

Nelle sale del piano rialzato si possono ammirare sinopie e affreschi provenienti da Maniago, Pordenone-San Marco e Castello di Aviano, a testimonianza della ricchezza decorativa degli edifici di culto della zona.