Le collezioni archeologiche comprendono reperti dalla preistoria all’Alto Medioevo tutti provenienti dal territorio del Sistema Museale. I nuclei più consistenti sono costituiti da materiali prevalentemente ceramici dell’età del bronzo e dell’età romana.
Le collezioni naturalistiche comprendono, oltre a un piccolo nucleo di collezioni botaniche e zoologiche, principalmente reperti paleontologici e mineralogici.
La collezione paleontologica è formata da più di 4000 reperti di cui circa 1400 sono rappresentati da crostacei fossili: 150 di questi esemplari sono olotipi e 480 paratipi.
La collezione mineralogica è composta da più di 3200 campioni. I minerali provengono prevalentemente dal territorio vicentino.
