Dopo la seconda guerra mondiale la Porta San Sebastiano venne riaperta al pubblico con l’intento di creare successivamente un museo delle mura, ma, successivamente, degli altri ambienti vennero ceduti al Ministero della Pubblica Istruzione nel 1960 perché vi installassero un ufficio speciale ed un museo sull'Appia Antica, per questo scopo vennero modificati alcune stanze, ma, nel 1970 il comune di Roma ritornò in possesso dei vani ceduti al Ministero della pubblica istruzione, ma l'anno dopo la Ripartizione Antichità e Belle Arti allestì un piccolo museo delle mura con un tratto di cammino di ronda che arrivava fino a Via Cristoforo Colombo con apertura solo domenicale, ma, tuttavia, qualche anno dopo il museo dovette chiudere fino al 1984 in occasione della mostra "Roma sotterranea", ma si dovette attendere il 1989 per l'istituzione del Museo delle mura di Roma, museo ironicamente già riconosciuto nella legge regionale del 1975, mentre del 1990 è l'attuale sistemazione delle sale.