Il Museo della Porziuncola è parte integrante dell’itinerario dei pellegrini e dei turisti che dalla Porziuncola, alla Cappella del Transito, alla Cappella delle Rose visitano le memorie di san Francesco presso la Basilica di Santa Maria degli Angeli e offre una sosta di maggior comprensione di questi luoghi avvalendosi di documenti di archivio, di plastici e di ricostruzioni grafiche.

Le sale ospitano in successione cronologica le opere che hanno reso famoso il Museo. In particolare: il Crocifisso di Giunta Pisano (1236), primo esempio in Italia di crocifisso patiens in una croce monumentale; il San Francesco e angeli del Maestro di San Francesco (sec. XIII); una tavola raffigurante San Francesco attribuita al Cimabue; la Madonna del latte, una splendida scultura in pietra policroma della fine del XIV secolo; un pregevole dossale in terracotta invetriata, opera magistrale di Andrea della Robbia (1475).

All’interno del museo è possibile visitare anche il cosiddetto Conventino, ciò che resta delle celle primitive dei frati: queste, restaurate di recente, sono attualmente utilizzate per ospitare mostre temporanee di arte sacra contemporanea.