Il Museo si articola in 11 sale tematiche. Gli oggetti e le opere d’arte esposte provengono dalle raccolte dell’IRCI, in particolare dalle masserizie degli esuli conservate nel Magazzino 18 del Porto Vecchio di Trieste, e dalle collezioni del Civico Museo Revoltella e dei Civici Musei di Storia ed Arte di Trieste. Larga parte hanno i contenuti multimediali: video e documentari realizzati appositamente per il Museo, filmati storici provenienti da diversi archivi, touch screen con approfondimenti e nuovi contenuti.

Le sale sono illustrate da un ricco apparato fotografico per cui si è attinto ai principali archivi di natura sia pubblica che privata. Al piano terra ci sono, oltre allo spazio biglietteria e bookshop, anche uno spazio di consultazione multimediale, una sala conferenze e una sala mostre.