Il Museo della città costituisce un vero e proprio sistema museale integrato cittadino dove è possibile ammirare e studiare le raccolte d’arte sacra diocesana e i numerosi reperti ceramici, che illustrano la storia della ceramica aquesiana dal Medioevo ai nostri giorni.
Il percorso espositivo comprende importanti raccolte di ceramiche arcaiche e rinascimentali (tra cui una delle più significative collezioni di maioliche medievali decorate in ramina e manganese con motivi vegetali, geometrici e stemmi nobiliari), oggetti di arte sacra (dipinti su tavola e tela, paramenti liturgici, suppellettili e oreficeria) e testimonianze storiche legate alla Via Francigena.
Tra le opere di maggior rilievo si segnalano dipinti di Sano di Pietro (San Bernardino da Siena), Girolamo di Benvenuto (Cristo deposto tra angeli), una Madonna col Bambino e altre tele della scuola senese, busto marmoreo di papa Innocenzo X Pamphilj di Alessandro Algardi.