Nel Museo del territorio gli oggetti esposti provengono sia da San Daniele del Friuli sia dal territorio circostante, a testimonianza dello sviluppo storico, culturale o artistico dell'area collinare.

Il museo è articolato in tre sezioni fondamentali: archeologia, arte sacra e etnografia. La sezione archeologica presenta reperti provenienti da ritrovamenti e scavi effettuati sul territorio, che permettono di seguire l'evoluzione della vita nella zona a partire dal periodo compreso fra l'XI e l'VIII sec. a.C. fino al periodo medioevale.

La sezione dell'arte sacra comprende, tra l'altro, due altari in legno provenienti dalla chiede di S. Antonio Abate e di S. Maria della Fratta; ricca anche la parte dedicata alla pittura, con opere su tavola, su tela e resti di affreschi del XIV e XV sec. Completa l'esposizione la sezione etnografica con reperti relativi alle arti ed ai mestieri della civiltà friulana.