Allestito nel chiostrino di S. Francesco, già facente parte di un convento duecentesco, restaurato nel 1911, il museo, fondato nel 1925, raccoglie reperti preistorici dalla necropoli preromana di Golasecca e da altri sepolcreti preromani e romani di Gallarate, Cassano Magnago e altre località dei dintorni.

Nel museo gallaratese è esposta una raccolta di arte figurativa che copre un arco cronologico compreso tra il Medioevo e il XX secolo e che vanta la presenza di artisti celebri. Tra le opere più considerevoli prendono posto le pitture di Giuseppe De Alberti, le affascinanti sculture di Adolf Wildt, dipinti di Nicolò Pisano e di Tanzio da Varallo e un bozzetto del Cerano. Nonché due sculture medievali provenienti da Cairate che rappresentano un ponte d’unione tra l’archeologia e la storia dell’arte.