Il Museo d'Arte Sacra di San Gimignano si trovano nell'edificio dell'antico dormitorio dei Cappellani. Vicino all'ingresso sono esposto alcuni frammenti marmorei databili tra il XIV e il XV secolo, ed una Pietà ispirata a Donatello di un artista di area forse padana.

La cappella contiene le lastre tombali di Giovanni Moronti e fra' Bernardo da Arezzo (1342), oltre a un altare in pietra del X - XI secolo, un Crocifisso ligneo dipinto (XIV secolo) e una sedia della balia quattrocentesca, in legno intagliato.

La sala successiva è dedicata alla pittura con la Madonna col Bambino e santi di Fra Paolino (1525), la Discesa al Limbo di Matteo Rosselli, due curiosi giochi ottici dello stesso autore (Cristo/Maddalena e San Francesco/Santa Chiara), il Volto Santo adorato da due confratelli di Sebastiano Mainardi, tre tele di Vincenzo Tamagni, quattro sinopie provenienti dalla chiesa di Sant'Agostino di Benozzo Gozzoli, un affresco staccato di Santa Lucia di Lippo e Federico Memmi e infine una Madonna di Nicolò Cannicci. Completano l'esposizione della sala alcuni corali miniati da Nicolò di ser Sozzo e da Lippo Vanni.

L'eposizione prosegue al primo piano, con quattro stanze. La prima a destra espone un Crocifisso con santi, affresco staccato di Benozzo Gozzoli, una Madonna col Bambino e santi, affresco e sinopia di Vincenzo Tamagni, Cristo con angelo reggisudario e un santo, scultura marmorea di Goro di Gregorio. la seconda sala presenta un' Annunciazione lignea con policromia di uno scultore senense di fine del Trecento, un pregevole Crocifisso ligneo dipinto della prima metà del Duecento e due busti di Benedetto da Maiano (Cristo in terracotta e Onofrio di Piero in marmo ) e uno di Pietro Torrigiani (Cristo in marmo).