Il Museo è ubicato nella Torre di Ligny, eretta nel 1671 su ordine del viceré don Claudio La Moraldo, principe di Ligny. Qui sono esposti reperti preistorici e protostorici. Si articola in due sezioni:

- Preistorica al piano terra presenta reperti ritrovati nella provincia di Trapani

- Archeologica marina al primo piano, dove sono esposti oltre 100 oggetti provenienti dai fondali del Mediterraneo: anfore, ancore, suppellettili di epoca greca, romana e punica.

Uno dei reperti archeologici più importanti è un Elmo in bronzo recuperato sui fondali di Trapani.