Il Museo Civico si articola in tre sezioni:
- l'archeologica, con reperti che testimoniano la presenza sul territorio gualdese di insediamenti preistorici, umbri, romani e longobardi. Le tre sale che costituiscono la sezione, ospitano testimonianze di varia natura, tra cui manufatti di epoca preistorica, una piccola sezione numismatica, frammenti marmorei di epoca romana, oltre alle testimonianze di epoca preromanica provenienti da necropoli venute alla luce proprio nei territori del gualdese.
- la pinacoteca, con opere provenienti dalle chiese della città e del territorio, tra cui il polittico del 1471 di Niccolò di Liberatore detto l'Alunno ed alcune opere quattrocentesche di Matteo da Gualdo. oltre ad un notevole corpus di opere di suoi seguaci.
- la sezione di ceramica artistica espone manufatti risalenti al XV secolo ed un'ampia raccolta di opere a lustro oro e rubino prodotte tra la fine dell'Ottocento e la prima metà del Novecento, che mettono in piena evidenza la grande fioritura di questa importante manifattura artistica nella città, con particolare riguardo alle grandi personalità locali.
Va ricordata la presenza all'interno della Rocca Flea di una serie di paramenti, arredi e corredi, che fanno parte attiva della sua storia, è inoltre possibile durante il percorso museale, ammirare le palazzine cinquecentesche volute dai cardinali legati, e la presenza di particolari affreschi, come la rappresentazione della Trinità secondo l'iconografia del Vultus Trifrons, all'interno dell'antica chiesa del X secolo, che fu inglobata all'interno della fortezza.
