Il progetto museografico non mira solo alla conservazione e alla salvaguardia di un patrimonio culturale, ma vuole soprattutto documentare gli usi e i costumi. Accanto ai mezzi di informazione tradizionali quali i pannelli, gli oggetti e le didascalie, si fa ampio uso di computer, audiovisivi, diorami, diffusione di suoni ambientali, contatto diretto con la realtà storico-culturale rappresentata. La struttura museale si divide in due settori: uno dedicato al rapporto uomo-cavallo nella preistoria e nella protostoria; l'altro, al piano inferiore e nell'area scoperta, riservato all'età moderna e contemporanea, che esplora gli aspetti folkloristici della Maremma e della campagna romana. I servizi museali sono gestiti dall' Associazione amici del cavallo maremmano.