Il museo è costituito da una miscellanea di collezioni, suddivise in origine in  10 reparti che annoverano tra l'altro una sezione archeologica e una sezione  numismatica che raccoglie monete, medaglie e carta moneta databili dall'età  classica al Novecento.

Le sezioni storico-artistiche comprendono dipinti  di artisti salentini attivi nel XIX e nel XX secolo, collezioni di abiti ed  accessori d'epoca, una bella raccolta di ceramiche e vetri, armi da fuoco ed  armi bianche. Tra le opere pittoriche si segnalano, oltre ai dipinti della  collezione Coppola, i quattro grandi dipinti a tempera su legno raffiguranti  scene bibliche, opera di Liborio Ricci, sacerdote e pittore vissuto a Muro  Leccese nel XVIII secolo.

La collezione di oggetti vari è forse il segmento più  eterogeneo che accosta le valvole degli oleodotti del porto di Gallipoli a  suppellettili domestiche. Le sezioni naturalistiche e geo-mineralogiche  rappresentano una componente fondamentale del museo.

Di particolare interesse la  sezione malacologia, con esemplari di conchiglie provenienti da varie parti del  mondo e quella talassologica. La sezione zoologica comprende soprattutto  esemplari di pesci ed uccelli della fauna locale. Di pari interesse le sezioni  dei fossili e dei minerali.

Degno di menzione anche il fondo librario antico, di  cui fanno parte alcuni incunaboli, cinquecentine, manoscritti, documenti e  materiale iconografico e topografico relativi a storia e famiglie locali, oltre  a edizioni di pregio di ambito salentino e napoletano.