Il Museo Civico di Nepi si avvale di un moderno e affascinante apparato espositivo che si propone di illustrare, attraverso i reperti archeologici, l’evoluzione storica della città e del suo territorio dall’età protostorica sino al Rinascimento. Il percorso espositivo è strutturato in tre sezioni: Protostorica – Preromana, Romana, Medievale – Rinascimentale.

La prima sala del Museo raccoglie materiali provenienti dalle necropoli di età falisca che circondano l'abitato. E' questa la parte più importante della collezione. Molti dei reperti risalgono al VII secolo a.C., cioè al cosiddetto periodo 'Orientalizzante' e provengono dalla 'necropoli del Cerro'.

Nella seconda sala sono esposti oggetti di epoca e carattere vario. L'età romana è rappresentata principalmente da una piccola sezione numismatica e da frammenti marmorei, ai quali devono essere aggiunte alcune are funerarie e votive. Tranne che in rari casi, non si conosce l'esatta provenienza dei reperti che devono essere comunque, nella quasi totalità, riferiti al centro abitato di Nepi. I reperti più recenti esposti nella seconda sala appartengono al massimo periodo di splendore di Nepi, vale a dire il XV-XVI secolo.

Alcuni stemmi, recuperati all’interno della Rocca dei Borgia, testimoniano la ricchezza e l’importanza del paese. Merita particolare attenzione uno stemma con le insegne dei Borgia e degli Aragona di Napoli. Notevole un fregio marmoreo di Bernardo Accolti detto l’Unico. Infine uno stemma lapideo circolare, con le insegne dell’ultimo signore di Nepi: Pier Luigi Farnese.