La riapertura del primo piano del museo (avvenuta nel 1999) permette di ammirare parte delle sculture di epoca ellenistica e romana fra cui spiccano la testa di efebo del VI secolo a.C., ritrovata negli scavi dell'antica Leontinoi e appartenuto a Ignazio Paternò Castello (si crede che appartenesse in origine all'acefalo Kouros esposto al Museo Paolo Orsi di Siracusa), la statua di Ercole di III secolo proveniente dagli scavi del palazzo Zappalà in via A. di Sangiuliano a Catania, il monumentale torso di imperatore Giulio-Claudio raffigurato come Giove. Inoltre molti frammenti decorativi provenienti dal Teatro e pregevoli mosaici pavimentali provenienti da diverse parti della città (spicca sugli altri un invitante "Vtere Feliciter", augurio che faceva da ingresso al ninfeo di piazza Dante). Pure di notevole importanza (soprattutto per la storiografia Siciliana di età imperiale e per le funzioni pubbliche) il cippo monumentale di Q. Atilius, chiamato cippo Carcaci e il frammento di decorazione (dato l'aspetto probabilmente in origine dovette essere parte di una colonna istoriata) proveniente dagli scavi presso la Porta delli Canali (oggi Porta di Carlo V), trovati entrambi a Catania.

Notevoli i due portali rispettivamente del XIII e XV secolo. Quest'ultimo situato nel cortile è un importante documento del periodo in cui il Castello fu sede di prigione, con le scritte (firme, poesie, disegni) incise dai condannati sugli stipiti. Per finire una ricca collezione di crateri greci fra cui spicca un cratere attico con disegni di Perseo che decapita la Gorgone.