Il museo è intitolato a padre Carmelo Seminara da Ganci, primo scopritore e sostenitore dell'archeologia di Ustica.

L'esposizione comprende una selezione significativa di reperti della Media Età del Bronzo (1400-1200 a.C.): suppellettili domestiche destinate alla conservazione, alla preparazione, cottura e consumo degli alimenti, ma anche ritrovamenti connessi alla produzione metallurgica, utensili d'ossidiana, di monili e oggetti di materiale vario (pietra, bronzo, terracotta). I materiali provengono dalle indagini effettuate dalla Soprintendenza di Palermo tra il 1974 e il 2003 nell'insediamento preistorico del Villaggio dei Faraglioni, abbandonato improvvisamente nel XII sec. a.C., per calamità naturali.