Il Museo è organizzato su due piani.

Al piano terra, superata la Reception-Biglietteria, si accede allo “Studiolo” di De Nino, riproduzione di uno studio tipicamente ottocentesco in cui sono esposti, oltre alla testimonianza delle sue opere e dei suoi rapporti epistolari, alcuni dei numerosi reperti da lui ritrovati, raccolti in un armadio-vetrina in legno intagliato. Da qui si prosegue per la scala di accesso agli ambienti espositivi del primo piano. Di fronte alla scala, in una sala di proiezione è visibile una multivisione dedicata agli aspetti più suggestivi della memoria storica della città.

Al primo piano si accede alle sale espositive, dove è documentata la storia della città dalla preistoria al medioevo attraverso i reperti rinvenuti nel corso dei secoli.