La Fondazione che ancor oggi gestisce l’istituzione museale venne istituita nel 1907, per legato testamentario di Antonio Borgogna, esponente di primo piano della borghesia illuminata in Vercelli nella seconda metà dell’Ottocento. Si compiva così in quella data, a circa un anno dalla morte di Antonio Borgogna, il progetto da lui concepito di trasformare la sua casa e la sua collezione privata in museo da lasciare alla città di Vercelli e da dedicare alla memoria del padre Francesco.
La collezione creata da Antonio Borgogna comprende opere di pittura, scultura, grafica e arti decorative.
Le preferenze per la pittura antica si concentrano verso il Rinascimento, soprattutto toscano, lombardo e veneto, che spazia da Tiziano a Bernardino Luini, dal Francia al Sodoma, ma anche verso la grande arte barocca italiana (Ludovico Carracci, Carlo Maratta). Notevole è anche il fondo di dipinti fiamminghi e olandesi della stessa epoca (circa 80 opere complessive) e la collezione di grafica attualmente in deposito, consultabile solo su richiesta.
Tutte le opere sono state acquistate in aste italiane e straniere tra il 1880 e il 1906. Borgogna rivolge un grande interesse anche all'arte contemporanea europea, di cui nel corrente allestimento sono visibili circa una settantina di dipinti, che spaziano dal neoclassico, al romanticismo storico (Ussi, Induno), dalla scena di genere (Patini, Chierici, Favretto) all'orientalismo (Ussi, Monti). Interessante è anche il fondo di opere scultoree, acquisito nei Salon e nelle Esposizioni nazionali. La parte più spettacolare della collezione è senz'altro quella delle arti decorative, che conserva alcuni dei pezzi più interessanti prodotti dalle arti industriali nell'ultimo quarto del XIX secolo.
