Il Museo Civico della Torre di Malta e' stato aperto dopo il prezioso ritrovamento, nei primi anni Novanta, di reperti archeologici risalenti all'eta' del bronzo,all'eta' del rame, al periodo romano e ad epoca mediovale-moderna. Gli scavi nel centro storico hanno portato alla luce oggetti in ceramica e in bronzo esposti secondo un ordine topografico e cronologico. I cimeli esposti testimoniano lo stile di vita delle popolazioni che hanno vissuto nell'alta padovana nelle diverse epoche e il suggestivo contorno della Torre di Malta permette di ammirarli in un contesto unico.

Il Museo dell'Assedio al terzo piano racconta le vicende dell'assedio del 1318 da parte di Cangrande della Scala a Cittadella, tramite riproduzioni di armature, armi e oggetti di uso comune all'epoca.