Il Museo archeologico nazionale di Egnazia sorge all'esterno delle mura di cinta dell'antica città di Egnazia, oggi sito archeologico, nell'area della necropoli messapica.

Costituito da undici luminosi padiglioni articolati attorno a due patii, accoglie attualmente tre diverse esposizioni permanenti; la prima, Documenti dell'età del bronzo sugli insediamenti sviluppatisi nell'età del bronzo lungo il litorale adriatico della Puglia, molti dei quali ebbero contatti commerciali con il mondo greco; la seconda su Egnazia e la sua storia (da segnalare la bella testa marmorea del dio Attis ed il mosaico delle Grazie); la terza, Archeologia globale ad Egnazia, realizzata in collaborazione con l'Università di Bari, sottolinea il rapporto tra l'archeologia ed altre discipline scientifiche.

L'acquario, con oltre 30 mila litri di acqua salata, arricchisce la sezione "Egnazia e il Mare" inaugurata nel 2022 al piano interrato del museo.