Il museo raccoglie il meglio degli scavi di tutta la Toscana, con importantissimi reperti etruschi e romani, ma anche raccolte relative ad altre civiltà, come un'importante sezione egizia e una di vasi greci trovati spesso in tombe etrusche, a testimonianza dei numerosi scambi commerciali nel Mediterraneo.

La collezione di ceramiche attiche è molto vasta e comprende una grande sala con numerose vetrine al secondo piano. Per lo più i pezzi provengono da tombe etrusche e sono frutto degli scambi con la Grecia, in particolare con Atene (luogo di produzione della maggior parte dei reperti) e risalgono al periodo tra il VI e il IV secolo a.C.

Fra i vasi più importanti il cosiddetto Vaso François, dal nome dell'archeologo che lo scoprì nel 1844 in una tomba etrusca a fonte Rotella, vicino Chiusi, un grande cratere a figure nere firmato dal vasaio Ergotimos e dal pittore Kleitias, che riporta una serie impressionante di racconti della mitologia greca su sei file di figure, datato attorno al 570 a.C.

Attualmente il Museo Egizio ha ben 14.000 pezzi dislocati su nove sale e forse insieme al Museo Egizio dei Musei vaticani e al Museo Egizio di Torino è uno dei musei  piu’ importanti in italia.