La prima sala è dedicata all’antico territorio della Pavia romana, che comprendeva il Pavese, la Lomellina, ma non l’Oltrepò, appartenente allora a Piacenza. Di grande interesse è la ricostruzione dell’area sepolcrale di Casteggio: due tombe a cremazione in mattoni e un cippo sepolcrale, che testimoniano l’appartenenza di Clastidium al territorio di Piacenza.
La sala II ospita la collezione egizia donata dal Marchese Malaspina di Sannazzaro, padre fondatore del museo pavese, comprendente circa 150 oggetti tra papiri, vasi canopi, amuleti e bronzetti. Qui sono esposti anche i vetri di età romana, di cui il Museo vanta la raccolta più importante per il nord Italia e tra i quali si segnala il kantharos in vetro blu scuro proveniente da Frascarolo.
Gli li ambienti seguenti (sale III - IV) raccolgono testimonianze locali: insieme a manufatti di ceramica comune sono esposte ceramiche fini da mensa, vetri romani e importanti reperti architettonici e scultorei dell’antica Ticinum romana, tra cui la famosa statua di togato nota con il nome di Muto dall’accia al collo.
La Sala Longobarda che espone argenti paleocristiani, oreficerie tardoromane (magnifici esemplari di fibule a staffa) e i reperti longobardi, che testimoniano lo splendore raggiunto da Pavia capitale di Regno.