Il museo raccoglie le testimonianze archeologiche provenienti dal territorio di Perfugas. Comprende una sezione paleobotanica, con fossili vegetali delle foreste pietrificate presenti nell'Anglona, una paleolitica, con i  più antichi manufatti in pietra  finora rinvenuti in Sardegna. Il Neolitico è rappresentato dalla statuina di "dea madre con bambino", che costituisce la prima "kourotrophos" in ambiente occidentale (IV millennio a.C.). Alla civiltà nuragica rimandano ceramiche, utensili di pietra e manufatti bronzei, tra cui è notevole un pugnale ad elsa gammata integro. Reperti d'importazione del VII-VI sec. a.C., testimonianti la vitalità di alcuni centri tardonuragici del territorio, i vasi attici e punici del V-IV sec. a.C. e altre ceramiche di età ellenistica e romana illustrano l’età storica. Sono inoltre esposti materiali riferibili ai secoli IX-XIII.