La collezione comprende materiali e reperti delle civiltà indigene della regione (Daunia, Messapia, Peucezia), risalenti a periodi che vanno dalla preistoria all'età del bronzo, oltre a monili di età greca, bizantina, arabo-normanna e medievale.

Il Museo conserva materiale litico e ceramico preistorico dal Gargano, iscrizioni latine di età romana, terrecotte figurate delle fabbriche di Taranto e di Canosa, vasi plastici da Canosa, gioielli, ambre scolpite, vetri di età romana, bronzi arcaici e romani. Il ricco medagliere contiene numerosi esemplari di età greca, bizantina, arabo-normanna e medievale.

Tra gli acquisti e i lasciti si ricordano i reperti canosini della tomba Varrese, la collezione Polese, il monetiere Maselli. Mentre per le campagne di scavo cruciali sono state quelle condotte tra la fine degli anni ’70 e la fine degli anni ’80 a Conversano, Monte Sannace, Turi, Rutigliano, Acquaviva delle Fonti, Canosa.