L'attuale sede museale comprende tre sale: nella prima (dedicata a Anna Rinaldi Gruber, studiosa del territorio colognese), ospita materiali preistorici dal Neolitico sino all'età del bronzo finale; la seconda sala, intitolata a Cesare Cardellini, consigliere comunale, ospita reperti dell'età del ferro; la terza sala, dedicata ad Eusebio Checchetti (cittadino che ebbe il merito di salvaguardare numerosi reperti durante la seconda guerra mondiale), ospita oggetti di età romana e longobarda, provenienti soprattutto dalle necropoli della zona, e un miliario dell'imperatore Magnenzio.

Al museo archeologico è collegata gestionalmente una seconda struttura, il Museo lapidario, che ospita lapidi, iscrizioni, anfore romane e alcuni calchi, tra cui quello di un focolare preistorico e una copia dell'Obelisco nero del sovrano assiro Salmanassar III.