Il Museo Archeologico assume una particolare importanza per la conoscenza storica di Bergamo e del suo territorio, testimoniandone, con i propri reperti, l'evoluzione e le influenze delle genti, che l'hanno attraversati, sullo sviluppo sociopolitico della comunità che vi si andava formando.

La sezione preistorica comprende pezzi dal periodo neolitico all'età del ferro del territorio di Bergamo. Particolarmente rilevanti sono le urne cinerarie provenienti dal cimitero Golasecca di Brembate di Sotto. Diversi pezzi provenienti da luoghi di sepoltura sono manufatti gallici e oggetti della cultura romana.

La sezione Lapidario mostra lapidi romane che testimoniano la presenza di famiglie indigene celtiche e di cittadini romani che si erano trasferiti a Nord. Nella sezione dedicata alla città, si racconta la storia di Bergamo, dall'insediamento protostorico di Golasecca al Municipio romano.

Gli affreschi che si trovano in una domus sono databili tra la fine del I e del II secolo d.C. Le statue richiamano l'attenzione per la loro alta qualità e per la loro antichità (I secolo a.C). La sezione altomedievale mostra pezzi gotici e lombardi, tra cui un notevole arsenale guerriero. Alcune croci a foglia d'oro sono eccellenti opere d'arte.