Il museo espone le testimonianze archeologiche della storia delle due antiche città sorte nella piana dei Regi Lagni. Lo stesso Castello Baronale, che ospita il museo, ingloba i resti del teatro romano. Da qui prende avvio il percorso, con la storia del territorio e le testimonianze rinvenute nel corso di scavi sia preventivi, provenienti ad esempio dai cantieri della TAV, sia programmati dalla Soprintendenza.

Al piano superiore, dove erano le antiche scuderie, il percorso museale prosegue con la storia di Acerrae, l’antico nome della città, e del suo territorio, con l’esposizione dei corredi tombali dal IV sec. a.C. fino all’epoca romana, e dei materiali ceramici d’uso quotidiano dall’età tardo-arcaica. La seconda sala, risalendo nel tempo, mostra invece le importanti testimonianze di età preistorica rinvenute nel suo comprensorio.

L’ultima sala è dedicata a Suessula, un centro fiorente fin dal IX sec. a.C. ma abbandonato dopo il periodo medievale. Della città antica si conoscono i resti del foro e delle necropoli. I materiali provenienti da alcune di queste ultime e raccolti attraverso scavi non controllati, sono confluiti nella collezione Spinelli, oggi conservata presso il Museo Archeologico Nazionale di Napoli.