Fondato nel 1926 per iniziativa di Don G. Franchini, titolare della parrocchia di S. Giovanni in Compito, il museo ha avuto la sua prima sede nella canonica della pieve romanica eretta nel VII secolo sullo stesso luogo in cui in epoca romana sorgeva il centro di Ad Confluentes.

Il patrimonio museale annovera prevalentemente reperti romani affiorati dall'area archeologica del Compito: ceramiche a vernice nera, terre sigillate, lucerne, vetri, monete, oggetti funerari provenienti da sepolture a cremazione e ad inumazione disposte lungo la via Emilia, resti di colonne e di mosaici pavimentali, testimonianze connesse con l'edificio di culto, alcuni frammenti architettonici relativi alla pieve stessa, nella quale sono anche reimpiegati appunto pezzi più antichi.

Per la sua posizione lungo l’antica direttrice di penetrazione della costa adriatica verso occidente, l'area fu interessata in epoca preromana dalla presenza di un importante quartiere artigianale caratterizzato da fornaci per la produzione di ceramica. Grazie a prospezioni ivi effettuate le collezioni museali si sono quindi ulteriormente arricchite di una serie di materiali protostorici, per lo più ceramici, inquadrabili cronologicamente tra la fine della prima e gli inizi della seconda età del Ferro (VII-VI sec. a.C.).