L’Herculanense Museum è l’anima archeologica del polo museale del Sito Reale di Portici che affianca l’anima scientifica dei Musei delle Scienze Agrarie. L’Herculanense Museum ripropone l’originaria vocazione museale assunta dalla Reggia fin dalle origini e per circa un cinquantennio: quella di sede delle reali raccolte di antichità provenienti dagli scavi di Ercolano, Pompei e Stabia.

La storia degli scavi, delle loro tecniche e dei procedimenti seguiti nell'età borbonica per il distacco degli affreschi sono illustrate da proiezioni multimediali o filmati. Gli affreschi romani, raccolti un tempo nella Reggia, sono riprodotti con la tecnica dei quadri retroilluminati. Una ricostruzione virtuale restituisce il Teatro di Ercolano, la prima delle scoperte archeologiche nella zona.

Nell’ultima sala multimediale dell'attuale museo campeggia la "Lanterna Magica", una macchina della visione che trasporta il visitatore al tempo di re Carlo e della sua corte, dentro le meraviglie dei reperti provenienti dagli scavi vesuviani. Una sala è dedicata ai marmi e agli strumenti di lavorazione dello scultore e testimonia la tecnica di restauro settecentesco, di cui ne è l’esempio la statua della Flora. La statua, che fu collocata al centro della fontana del giardino di Palena, era originariamente un’Hera Borghese, rimaneggiata dallo scultore di corte Giuseppe Canart con una tecnica di restauro che prevedeva il riuso dell’antico.

I calchi di altre statue ed oggetti, eseguiti da specialisti dell’Accademia delle Belle Arti di Napoli, riproducono la scultura bronzea del celebre Cavallo Mazzocchi e del gruppo marmoreo equestre di Marco Nonio Balbo. Per gli utensili e gli oggetti in bronzo si è fatto ricorso alla storica fonderia Chiurazzi sulla base di antichi stampi borbonici e in una delle sale del museo è riproposto l'aspetto di una cucina romana con le sue suppellettili.
Seguendo antichi disegni sono stati rifatti gli armadi in cui erano conservati i papiri e la "macchina di Piaggio" adoperata per svolgerli.

Una sala è dedicata a Le Antichità di Ercolano Esposte, una serie di illustrazioni riprodotte dagli otto volumi editi dalla Stamperia Reale, ed un’altra sala, con parato in seta di San Leucio e frammenti di arredi storici, rievoca l’immagine dell’antica Reggia. Rappresentazioni grafiche e fotografiche tratte da stampe e disegni del Settecento completano il corredo delle sale.