Il Palazzo della Loggia ospita la Collezione d'arte “Sandro Pertini”, allestita nel 1991 in seguito alla donazione alla città di Savona delle opere d'arte appartenute all'ex Presidente della Repubblica, originario del paese di Stella (a pochi chilometri da Savona). Frutto di collezionismo e formatosi grazie ad acquisti, doni di singoli artisti o doni ufficiali, comprende un centinaio di oggetti tra dipinti e sculture. La collezione offre una campionatura di opere di artisti contemporanei, tra i quali si segnalano: Remo Brindisi, Antonio Corpora, Giorgio de Chirico, Filippo de Pisis, Agenore Fabbri, Renato Guttuso, Giacomo Manzù, Francesco Messina, Joan Mirò, Giorgio Morandi, Gio' Pomodoro, Aligi Sassu, Mario Sironi, Emilio Vedova.

Una raccolta di gessi è nel deposito del Museo Per ragioni di conservazione, i disegni  di Renata Cuneo sono oggi consultabili nei depositi del Museo di Palazzo Gavotti.