All’ingresso del museo si trova una serie di oggetti che rappresentano i simboli di ogni sezione. Partendo dallo stemma visconteo del XV secolo, passando ad una piccola ara di epoca romana si arriva infine a dei fossili di ammoniti rinvenuti sull’Alpe Turati o Alpe del Vicerè.

Le prime due sale sono dedicate all'Età Moderna: da vedere in particolare sono l'affresco di Andrea De Magistris del 1490 raffigurante la Madonna del Latte tra San Rocco e San Sebastiano, proveniente dall'ex abbadia di Sant' Antonio; un mappale originale del Catasto Teresiano; il pulpito ligneo proveniente dalla chiesa plebana di Sant' Eufemia di Incino. Proseguendo, si arriva alla sala dedicata al Medioevo: qui si trova il reperto di maggior rilievo: una spada longobarda con impugnatura decorata ad agemina d'argento, proveniente da Parravacino d'Erba, che trova un unico confronto in Italia nella spada di Ciringhelli di Verona.

Fra i più importanti reperti esposti nelle sezioni riguardanti l'Età Tardoantica e Romana vi sono i corredi funebri di tombe rinvenute ad Albavilla, Erba, Tavernerio, Onno, Valbrona e Lasnigo; un'urna cineraria in marmo che fu reimpiegata nella costruzione di un muro della sacrestia della chiesa di Sant'Eufemia di Incino e tre armille in bronzo con estremità a testa di serpente trovate negli scavi di una villa di età tardoantica a Ponte Lambro.

Le due sale successive ospitano reperti paleontologici, alcuni resti di Orso delle caverne recuperati nella grotta del Buco del Piombo e i ritrovamenti fossiliferi (ammoniti) provenienti dalla zona dell'Alpe Turati.