L’itinerario museale si sviluppa nella chiesa di San Fedele e in alcuni spazi circostanti ed è stato inaugurato il 31 dicembre 2014, al termine di restauri durati un decennio e che hanno interessato tali ambienti. Esso è strettamente legato alla storia della Galleria San Fedele iniziata negli anni Cinquanta nella omonima Fondazione dei gesuiti. Padre Arcangelo Favaro, fondatore della Galleria San Fedele, nel dibattito animato di quel tempo si propose come un interlocutore del dialogo tra arte e fede, tema poi esplicitato da papa Paolo VI nel 1964 nel celebre discorso agli artisti nella Cappella Sistina. 

Nella sala dei dipinti, accanto a opere antiche di artisti celebri come Gerolamo Romanino, Tintoretto, Francesco Cairo, Carlo Maratta, Giacomo Favretto e altri dei secoli XVI e XVII, si trovano autori moderni come Lucio Fontana, Mario Sironi, Piero Manzoni, Vittorio Tavernari, Umberto Milani e Alexander Archipenko, fino ad accogliere interpreti contemporanei come Joel Meyerowitz, Ettore Spalletti, Mimmo Paladino e Lawrence Carroll, in un dialogo tra le diverse arti, compresa la fotografia, troppo ignorata dalla cosiddetta «arte sacra».