Il museo e' stato allestito all'interno di Palazzo Finaguerra, edificio storico gia' appartenuto all'omonima famiglia matelicese, ubicato nei pressi del complesso monumentale di S. Francesco.

Al primo piano e' ospitata la sezione preistorica e protostorica, con materiali del Paleolitico, del Neolitico, dell'Eneolitico e dell'eta' del Bronzo.

Segue la sezione dedicata all'eta' del Ferro che inizia con l'esposizione dei reperti provenienti dagli abitati e prosegue con il settore dedicato alle necropoli. I corredi funerari esposti coprono un arco cronologico piuttosto ampio, che va dall'VIII al IV sec.a.C. Di particolare rilievo sono le tombe della fase "orientalizzante" (fine VIII-inizi VI sec.a.C.).

Al secondo piano sono esposte le testimonianze della citta' romana di Matilica che illustrano gli aspetti dell'architettura, dell'urbanistica, delle espressioni artistiche, della vita quotidiana, della documentazione epigrafica e numismatica, delle aree funerarie della citta' nei primi secoli dell'eta' imperiale (I-II sec.d.C.).