Le origini della chiesa risalgono all'antica abbazia benedettina di San Cristoforo del Ponte del IX secolo. L'edificio fu ristrutturato dall'abate commendatario cardinale Bessarione nella seconda metà del XV secolo: in questa occasione furono traslate nella cattedrale le reliquie del Santo, racchiuse in un magnifico reliquiario appositamente foggiato nel 1472, ancor oggi posto in venerazione durante le celebrazioni patronali.

L'interno della chiesa, il cui stile è di derivazione vanvitelliana, è scandito da due grandi piloni sui quali si impostano gli archi che collegano la grande aula alla cupola ed al presbiterio. L'altare maggiore, in marmo policromo, fu commissionato dal vescovo Giuseppe Fabretti (1736-1747); dal suo smembramento (1970) si sono ricavati i due amboni intarsiati col suo stemma vescovile. Sospeso al centro del presbiterio, di notevole valore storico-artistico, è il Crocifisso ligneo di Pietro da Rimini, datato 1320. Dietro l'altare maggiore, tutto attorno alle pareti absidali gira il coro in noce con gli stalli canonicali, opera del XVII secolo dei maestri intagliatori urbaniesi Cesare Oradei, Orazio Marfori e Francesco Duranti.

Sulle pareti del presbiterio trovano posto diverse opere pittoriche: la grande tavola della Pentecoste di Giustino Episcopi (1562), la Nascita di San Giovanni Battista di Giorgio Picchi il Giovane e il Sant'Ubaldo Vescovo attribuito a Claudio Ridolfi (1620 ca.); oltre queste, il presbiterio ospita anche il monumento funebre del vescovo Giovanni Maria Maioli (1872-1893).

Degno di nota è il monumentale arredo ligneo della sagrestia, realizzato anche in questo caso dagli intagliatori urbaniesi Cesare Oradei, Orazio Marfori, Francesco Duranti e Guido Galeotti. Le pareti della sagrestia ospitano numerosi altri dipinti di varie epoche (XVII-XX secolo).

Il Fonte battesimale all'interno del Battistero, al quale si accede dal portale destro in fondo alla navata, è opera degli scalpellini di Sant'Ippolito (1747). In questo ambiente sono conservati una pittura su pietra raffigurante il Battesimo di Gesù (anonimo locale, XVIII secolo) ed un frammento di affresco del XV secolo raffigurante Sant'Eracliano Vescovo. All'interno di una nicchia affiora un portale appartenente all'antica navata dell'Abbazia benedettina: in questo piccolo spazio è stato posto un Presepe in maiolica opera del ceramista sardo (poi cittadino urbaniese) Federico Melis; di fronte ad esso, in altra nicchia, è stato installato un secondo Presepe in ceramica realizzato dal ceramista urbaniese Sante Cancellieri.